阿坝州境内江河纵横。黄河在阿坝州流经126公里。长江上游四川境内的主要支流岷江、嘉陵江、涪江均发源于阿坝州。岷江干流及最大支流大渡河纵贯全境，其流域内水量充沛、天然落差大，蕴藏着丰富的水能资源。全州共大小河流530余条，水量395.5亿m3。水能理论蕴藏量1933万千瓦，占四川省水能蕴藏量的14%；可开发量1300万千瓦，占四川省的10.53%。